Баҳоуддин Нақшбанд илмий-тадқиқот марказининг асосий вазифалари этиб қуйидаги вазифалар белгиланган:
а) буюк аждодимиз Баҳоуддин Нақшбанд ва нақшбандийлик тариқати алломаларининг юксак инсонпарварлик ғояларини илмий асосда ўрганиш, ёш авлодни бағрикенглик ҳамда ўзаро ҳурмат руҳида тарбиялаш мақсадида тарғибот ишларини олиб бориш;
б) тасаввуф таълимоти тарихи ва унинг бугунги кундаги аҳамиятини илмий тадқиқ этиш, “Етти пир” алломалари ва азиз авлиёларнинг бой илмий-маънавий меросини халқаро майдонда кенг тарғиб қилиш;
в) нақшбандийлик таълимотининг эзгу ғояларини тадқиқ этиш учун илмий-назарий ва услубий масалаларга бағишланган анжуман, конференция, кўргазма, семинар-тренинг, танловлар ташкил этиш.